Mặc dù phần lõi không được hoàn thành, kim tự tháp Bắc Mazghuna vẫn được cho là lớn hơn so với hàng xóm của nó, Kim tự tháp Nam Mazghuna, với chiều dài các cạnh là 52,5 mét. Có một con đường đắp cao với tường gạch bùn nằm ở phía bắc của kim tự tháp. Người ta cũng không tìm được dấu tích của một đền đài nào được xây trong khu phức hợp, có lẽ chúng cũng không bao giờ được xây dựng[6].

Lối vào cấu trúc bên dưới nằm ở phía đông kim tự tháp. Hành lang ở lối vào sẽ hướng đến một cầu thang dẫn xuống một căn phòng ngoài hình vuông. Từ căn phòng này, một cầu thang nằm bên phải sẽ nối với một hành lang hình chữ U. Hành lang thứ hai này có 2 cửa kéo bằng đá thạch anh, chúng vẫn nằm nguyên ở trong hai khe tường, chưa được đóng lại. Mái của phòng chôn cất hình chữ V, bên trong chứa một tảng thạch anh nguyên khối, được khoét một lỗ sâu hình chữ nhật để đặt quan tài và lỗ nhỏ hơn để đặt rương chứa bình nội tạng. Nắp quan tài thạch anh nặng 42 tấn, nó vẫn còn nằm ở một căn phòng phụ, chưa bao giờ được đậy lại. Cỗ quan tài đã được mài nhẵn và sơn đỏ, nhưng vẫn không có dấu hiệu chôn cất diễn ra ở đây. Mặt ngoài của những phần được xây bằng đá thạch anh đều được sơn đỏ và được vẽ thêm những sọc màu đen. Một căn phòng lớn thông với phòng chôn cất chính, tới nay vẫn không rõ công dụng của căn phòng này[7][8][9][10].